贝瑞基因引进SeekSpace 单细胞空间转录组

小枫来为解答以上问题。贝瑞基因引进SeekSpace 单细胞空间转录组,这个很多人还不知道，现在让我们一起来看看吧~.~！

　　近年来，空间转录组技术飞速发展，逐步进入单细胞水平“高清”时代。不同空间转录组技术带来不同的研究视角，SeekSpace 空间转录组技术以其“真”单细胞分辨率横空出世。贝瑞基因（000710）秉持着为科研工作者提供更全更新的单细胞空间解决方案，正式引进SeekSpace 空间转录组产品。

　　区别于常规RNA原位捕获空间技术，SeekSpace 空间转录组创新性地采用空间标签来标记细胞核：其原理是利用可断裂的位置标签序列反向标记细胞核，空间标签标记细胞核后，对切片进行固定并提取细胞核悬液，再使用分组标签对细胞核悬液进行初步逆转录，实现 mRNA 及空间标签的分组标记。然后基于SeekOne DD 单细胞微流控平台进行油包水标记，同时捕获单个细胞中的mRNA和空间位置标签序列，因为每个细胞都加上了属于自己的位置标签，搭配分析软件进行定位，再根据空间标签直接溯源回组织中的具体位置，这样就实现了同时获得单个细胞的空间位置信息和基因表达信息。

　　图1 SeekSpace 空间转录组技术原理示意图

　　（图片引自SeekGene官方宣传材料）

　　细胞量：32833 UMI中位数738

　　图2 不同的小鼠脑样本捕获细胞数和中位基因UMI值展示

　　（图片引自SeekGene官方测试数据）

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　　SeekSpace 可认为是带位置标签的单核转录组，因此可以获得清晰且具有边界化的细胞分群；

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　　以单个细胞为分析单元，SeekSpace 不仅可以展示细胞大群的空间定位，更能清晰展示亚群的空间分布。

　　图3 小鼠脑细胞大群分类及Ext细胞亚群空间分布

　　（图片引自SeekGene官方宣传材料）

　　SeekSpace 空间转录组在研究特定脑区具有独特的优势，如可以轻松获得海马区的细胞类型，解析与记忆和学习相关细胞类型表达异常的特征基因。

　　图4 海马体区兴奋性神经元异常基因表达特征

　　（图片引自SeekGene官方宣传材料）

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　　SeekSpace 在和单细胞转录组数据整合上有天然优势，因为SeekSpace 本身就是单细胞分辨率，在细胞注释上无需单细胞转录组数据的辅助；可直接和单细胞转录组整合聚类及对比分析，聚焦生物学问题本身；

　　图5 SeekSpace 单细胞空间转录组数据与常规单细胞数据整合高度一致

　　（图片引自SeekGene官方宣传材料）

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　　在单细胞和空间分析中，稀有细胞群体的识别和研究因其丰度低而具有挑战性，当样本中仅包含有限数量的稀有细胞时，其检测和分析类似于在复杂的细胞群落中进行寻宝活动。在处理多个样本时，将数据整合并可以显著增加稀有细胞的总体数量，从而提高检测的灵敏度和准确性。

　　图6 SeekSpace 空间转录组样本数据整合简便，易于发现稀有细胞类型

　　（图片引自SeekGene官方宣传材料）

　　贝瑞基因已采用SeekSpace 空间转录组技术测试了小鼠皮下瘤组织，总共捕获39288个细胞，每个细胞的中位基因值为330，中位UMI数为507；组织区域均有细胞覆盖，且cluster的分布表现出明显的组织区域差异。

　　图7 小鼠皮下瘤SeekSpace 空间转录组测试数据

　　贝瑞基因自引进单细胞、空间组学平台以来，始终专注于产品的开发和升级。搭建涵盖10x Genomics单细胞、SeekOne DD单细胞、Visium CytAssist空间转录组、Visium HD空间转录组及Akoya空间蛋白等诸多平台，打造贝瑞单细胞及空间组学“硬实力”，可提供不同场景、不同组织类型的单细胞空间解决方案；已完成人、动物、植物等近50个物种、300+种组织、20000+例样本的科研项目，支持用户发表50+篇高分文章，包括Nature、Cell、Immunity、Nature Cell Biology、Cell Research等期刊，影响因子累积高达1000+。

来源：贝瑞基因官微

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