贝瑞基因引进SeekSpace 单细胞空间转录组

导读 小枫来为解答以上问题。贝瑞基因引进SeekSpace 单细胞空间转录组,这个很多人还不知道,现在让我们一起来看看吧~.~!  近年来,空间转录...

小枫来为解答以上问题。贝瑞基因引进SeekSpace 单细胞空间转录组,这个很多人还不知道,现在让我们一起来看看吧~.~!

  近年来,空间转录组技术飞速发展,逐步进入单细胞水平“高清”时代。不同空间转录组技术带来不同的研究视角,SeekSpace 空间转录组技术以其“真”单细胞分辨率横空出世。贝瑞基因(000710)秉持着为科研工作者提供更全更新的单细胞空间解决方案,正式引进SeekSpace 空间转录组产品。

  区别于常规RNA原位捕获空间技术,SeekSpace 空间转录组创新性地采用空间标签来标记细胞核:其原理是利用可断裂的位置标签序列反向标记细胞核,空间标签标记细胞核后,对切片进行固定并提取细胞核悬液,再使用分组标签对细胞核悬液进行初步逆转录,实现 mRNA 及空间标签的分组标记。然后基于SeekOne DD 单细胞微流控平台进行油包水标记,同时捕获单个细胞中的mRNA和空间位置标签序列,因为每个细胞都加上了属于自己的位置标签,搭配分析软件进行定位,再根据空间标签直接溯源回组织中的具体位置,这样就实现了同时获得单个细胞的空间位置信息和基因表达信息。

  图1 SeekSpace 空间转录组技术原理示意图

  (图片引自SeekGene官方宣传材料)

  细胞量:32833 UMI中位数738

  图2 不同的小鼠脑样本捕获细胞数和中位基因UMI值展示

  (图片引自SeekGene官方测试数据)

  01

  SeekSpace 可认为是带位置标签的单核转录组,因此可以获得清晰且具有边界化的细胞分群;

  02

  以单个细胞为分析单元,SeekSpace 不仅可以展示细胞大群的空间定位,更能清晰展示亚群的空间分布。

  图3 小鼠脑细胞大群分类及Ext细胞亚群空间分布

  (图片引自SeekGene官方宣传材料)

  SeekSpace 空间转录组在研究特定脑区具有独特的优势,如可以轻松获得海马区的细胞类型,解析与记忆和学习相关细胞类型表达异常的特征基因。

  图4 海马体区兴奋性神经元异常基因表达特征

  (图片引自SeekGene官方宣传材料)

  01

  SeekSpace 在和单细胞转录组数据整合上有天然优势,因为SeekSpace 本身就是单细胞分辨率,在细胞注释上无需单细胞转录组数据的辅助;可直接和单细胞转录组整合聚类及对比分析,聚焦生物学问题本身;

  图5 SeekSpace 单细胞空间转录组数据与常规单细胞数据整合高度一致

  (图片引自SeekGene官方宣传材料)

  02

  在单细胞和空间分析中,稀有细胞群体的识别和研究因其丰度低而具有挑战性,当样本中仅包含有限数量的稀有细胞时,其检测和分析类似于在复杂的细胞群落中进行寻宝活动。在处理多个样本时,将数据整合并可以显著增加稀有细胞的总体数量,从而提高检测的灵敏度和准确性。

  图6 SeekSpace 空间转录组样本数据整合简便,易于发现稀有细胞类型

  (图片引自SeekGene官方宣传材料)

  贝瑞基因已采用SeekSpace 空间转录组技术测试了小鼠皮下瘤组织,总共捕获39288个细胞,每个细胞的中位基因值为330,中位UMI数为507;组织区域均有细胞覆盖,且cluster的分布表现出明显的组织区域差异。

  图7 小鼠皮下瘤SeekSpace 空间转录组测试数据

  贝瑞基因自引进单细胞、空间组学平台以来,始终专注于产品的开发和升级。搭建涵盖10x Genomics单细胞、SeekOne DD单细胞、Visium CytAssist空间转录组、Visium HD空间转录组及Akoya空间蛋白等诸多平台,打造贝瑞单细胞及空间组学“硬实力”,可提供不同场景、不同组织类型的单细胞空间解决方案;已完成人、动物、植物等近50个物种、300+种组织、20000+例样本的科研项目,支持用户发表50+篇高分文章,包括Nature、Cell、Immunity、Nature Cell Biology、Cell Research等期刊,影响因子累积高达1000+。

来源:贝瑞基因官微

以上就是关于【贝瑞基因引进SeekSpace 单细胞空间转录组】的相关内容,希望对大家有帮助!

郑重声明:本文版权归原作者所有,转载文章仅为传播更多信息之目的,如作者信息标记有误,请第一时候联系我们修改或删除,多谢。