亚细胞精度的患病组织 3D 图

马克斯·德尔布吕克中心 Nikolaus Rajewsky 教授系统生物学实验室的研究人员开发了一个名为 Open-ST 的空间转录组学平台，使科学家能够以三维方式重建组织内细胞的基因表达。该平台生成的图谱分辨率极高，研究人员能够看到传统二维表示中经常丢失的分子和(亚)细胞结构。这项研究发表在《细胞》杂志上。

在小鼠脑组织中，Open-ST 能够以亚细胞分辨率重建细胞类型。在头颈癌患者的肿瘤组织和健康和转移性淋巴结中，该平台捕获了免疫、基质和肿瘤细胞群的多样性。它还表明，这些细胞群围绕原发性肿瘤内的通讯热点组织，但这种组织在转移中被破坏。

这些见解可以帮助研究人员了解癌细胞如何与周围环境相互作用，并可能开始探索它们如何逃避免疫系统。数据还可用于预测个别患者的潜在药物靶点。该平台不仅限于癌症，还可用于研究任何类型的组织和生物。

“我们认为这些类型的技术将帮助研究人员发现药物目标和新疗法，”柏林马克斯德尔布吕克中心医学系统生物学研究所 (MDC-BIMSB) Rajewsky 实验室的高级科学家兼该论文的通讯作者 Nikos Karaiskos 博士说。

揭示组织的空间复杂性

转录组学是研究细胞或细胞群中基因表达的学科，但通常不包括空间信息。然而，空间转录组学测量给定组织样本中空间中的 RNA 表达。

Open-ST 提供了一种经济高效、高分辨率且易于使用的方法，可以捕获组织切片的组织形态和空间转录组学。可以对齐连续的 2D 图，将组织重建为 3D“虚拟组织块”。