先进的单细胞基因组学方法绘制抗生素耐药性图谱

人类微生物组对我们的健康起着至关重要的作用，影响着从疾病发展到治疗反应等各个方面。这种联系引起了世界各地科学家的关注，他们渴望解开其中的秘密。

虽然传统的宏基因组学提供了宝贵的见解，但它在解决菌株水平的微生物多样性和准确分析与抗生素耐药性有关的基因方面存在不足。这些局限性凸显了对更先进方法的需求。

为了解决这一问题，早稻田大学副教授 Masahito Hosokawa 领导的研究小组与 bitBiome, Inc. 合作开发了一种单细胞基因组方法。这种方法从单个细胞中读取信息，为传统宏基因组学提供了一种有前途的替代方案。

该研究于 2024 年 10 月 2 日发表在《微生物学》上，利用单细胞基因组分析探索微生物多样性和遗传特征。

Hosokawa 表示：“宏基因组学的局限性促使我们开发一种新方法，在单细胞水平上探索人类微生物组。这种单细胞基因组方法可以增强我们对细菌如何相互作用和交换遗传物质(包括抗生素抗性基因)的理解，从而为人类健康和疾病提供更深入的见解。”

研究人员对人体内的微生物进行了大规模的个体分析。为此，他们招募了 51 名参与者并收集了他们的唾液和粪便样本。然后，他们进行了一种名为 SAG-gel 技术的新型单细胞基因组分析方法，bitBiome, Inc. 将其商业化为 bit-MAP。在这项技术中，单个细菌被封装在凝胶中，然后对其基因组进行扩增和单独分析。